Recently I was selected as a runner-up in the 2015 Boston Naturejobs Career Expo journalism competition. The post has been the 7th most popular this month and I encourage you to read it:
http://blogs.nature.com/naturejobs/2015/05/01/science-idols-not-all-they-appear-to-be
I'll be waiting for your comments in @gene_tonic_ and https://www.facebook.com/PorCienciaInfusa?ref=hl
Recientemente quedé en el grupo de subcampeones del concurso de periodismo de Naturejobs. El post ha sido el séptimo más leído este mes y os animo a leerlo:
http://blogs.nature.com/naturejobs/2015/05/01/science-idols-not-all-they-appear-to-be
Espero vuestros comentarios en @gene_tonic_ y en el sitio de Facebook https://www.facebook.com/PorCienciaInfusa?ref=hl
domingo, 31 de mayo de 2015
miércoles, 15 de abril de 2015
Por Ciencia Infusa se muda a Gene Tonic
Si eres un viejo seguidor del blog, no te has equivocado de página. Por Ciencia Infusa desaparece para convertire en Gene Tonic. Se avecinan más cambios que espero os gusten.
¡Muchas gracias por la visita!
P.S: en Twitter también han empezado los cambios: @Gene_Tonic_
En Facebook aún seguimos siendo "Por Ciencia Infusa" pero intentaré cambiar el nombre pronto.
¡Muchas gracias por la visita!
P.S: en Twitter también han empezado los cambios: @Gene_Tonic_
En Facebook aún seguimos siendo "Por Ciencia Infusa" pero intentaré cambiar el nombre pronto.
domingo, 27 de julio de 2014
Cromatina de chocolate
Aunque hoy toca receta de cocina esto sigue siendo un blog de ciencia y por eso la receta es algo especial: cromatina de chocolate rellena de fresa.
Como algunos sabéis, en el laboratorio nos dedicamos a epigenética, replicación y ciclo celular en Arabidopsis. Este año hemos estado al completo, con gente de distintos países y hace pocas semanas el jefe propuso reunirnos en un picnic. El objetivo, además de pasar un buen rato, era probar platos típicos de cada país y ponernos las botas (todo estuvo riquísimo: la tartiflette, el bacalao, los tacos, el salmorejo, los cinco postres...). Pensando en algo típico se me ocurrió llevar algo muy característico del lab: el collar de perlas de las células, la cromatina.
Como sabéis, en las células eucariotas el ADN no está suelto sino que se enrolla alrededor de un octámero de histonas que influye de manera determinante en procesos celulares esenciales, como la expresión génica o la replicación. Aquí el octámero es de chocolate blanco relleno de fresa y el ADN de chocolate con leche.
Dificultad: para usuarios de nanodrop.
Ingredientes:
- Chocolate blanco de postre (2 tabletas)
- Chocolate con leche (1/4 de tableta)
- Fresas (8-10) o mermelada
Utensilios:
- Molde, puede ser rígido o de silicona. También vale una hielera.
- Frigorífico.
- Batidora (opcional)
 |
| El molde y el lápiz de repostería que usé |
El primer paso es fundir el chocolate. Yo lo hice en el microondas siguiendo las instrucciones del envoltorio. Para que el chocolate quede en su punto parece que es mejor fundir ¾ del total y una vez fundido añadir el otro cuarto.
Cuando todo el chocolate está líquido llenamos el molde hasta arriba e inmediatamente lo volcamos sobre otro recipiente y metemos el molde en la nevera. Con este paso, que se llama fondeado, conseguimos que el molde quede recubierto por una fina capa de chocolate que se solidificará en el frigorífico. Lo dejamos enfriando entre 5 y 10 minutos, tiempo que aprovechamos para preparar el relleno.
En mi caso para el relleno trituré unas fresas pero también puede usarse mermelada o frutos secos, a gusto del consumidor.
Cuando el molde ya está listo ponemos el relleno y añadimos el chocolate restante hasta completar el molde. Yo lo dejé en la nevera overnight pero se puede dejar menos tiempo.
Una vez solidificados nuestros nucleosomas, desmoldamos. Desde este punto es mejor tocarlos sólo con guantes, porque las huellas se marcan y se puede derretir.
Para el ADN, fundí un cuarto de tableta de chocolate con leche, también en el microondas, y con ello rellené un lápiz de repostería y fui pintando la forma.
¿Cuantás kilobases te quieres comer?
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| Et voilà! ¡Cromatina de chocolate! |
Os dejo el video de Youtube que me guió en el procedimiento de los bombones:
Cromatina de chocolate
Aunque hoy toca receta de cocina esto sigue
siendo un blog de ciencia y por eso la receta es algo especial: cromatina de
chocolate rellena de fresa.
Como algunos sabéis, en el
laboratorio nos dedicamos a epigenética, replicación y ciclo celular en Arabidopsis.
Este año hemos estado al completo, con
gente de distintos países y hace pocas semanas el jefe propuso reunirnos en un
picnic. El objetivo, además de pasar un buen rato, era probar platos típicos de
cada país y ponernos las botas (todo estuvo riquísimo: la tartiflette, el bacalao, los tacos, el salmorejo, los cinco postres...). Pensando
en algo típico se me ocurrió llevar algo muy característico del lab: el collar
de perlas de las células, la cromatina.
Como sabéis, en las células
eucariotas el ADN no está suelto sino que se enrolla alrededor de un octámero
de histonas que influye de manera determinante en procesos celulares
esenciales, como la expresión génica o
la replicación. Aquí el octámero es de chocolate blanco relleno de fresa y el
ADN de chocolate con leche.
Dificultad: para usuarios de
nanodrop.
Ingredientes:
-
Chocolate blanco de postre (2 tabletas)
-
Chocolate con leche (1/4 de tableta)
-
Fresas (8-10) o mermelada
Utensilios:
-
Molde, puede ser rígido o de silicona. También
vale una hielera.
-
Frigorífico.
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Batidora (opcional)
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| El molde y el lápiz de repostería que usé |
El primer paso es fundir el
chocolate. Yo lo hice en el microondas siguiendo las instrucciones del envoltorio.
Para que el chocolate quede en su punto parece que es mejor fundir ¾ del total y una vez fundido añadir el otro
cuarto.
Cuando todo el chocolate está
líquido llenamos el molde hasta arriba e inmediatamente lo volcamos sobre otro
recipiente y metemos el molde en la nevera. Con este paso, que se llama fondeado, conseguimos que el molde quede recubierto por una fina
capa de chocolate que se solidificará en el frigorífico. Lo dejamos enfriando
entre 5 y 10 minutos, tiempo que aprovechamos para preparar el relleno.
En mi caso para el relleno
trituré unas fresas pero también puede usarse mermelada o frutos secos, a gusto
del consumidor.
Cuando el molde ya está listo
ponemos el relleno y añadimos el
chocolate restante hasta completar el molde. Yo lo dejé en la nevera overnight
pero se puede dejar menos tiempo.
Una vez solidificados nuestros
nucleosomas, desmoldamos. Desde este punto es mejor tocarlos sólo con guantes,
porque las huellas se marcan y se puede derretir.
Para el ADN, fundí un cuarto de
tableta de chocolate con leche, también en el microondas, y con ello rellené un
lápiz de repostería y fui pintando la forma.
¿Cuantás kilobases te quieres
comer?
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| Et voilà! ¡Cromatina de chocolate! |
Os dejo el video de Youtube que
me guió en el procedimiento de los bombones:
sábado, 28 de diciembre de 2013
Inception: sRNAs make zombie plants
A paper published last October in Science (1) shows that the fungus Botrytis cinereauses small RNAs (sRNAs) to parasite Argonaute 1 protein and direct the gene silencing machinery of the plant against its own defensive genes, paving the way towards invasion.
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| Botrytis in tomato |
Botrytis cinerea is the causative agent of grey mold, an infection that affects many economically important crops, like grapevine, tomato or strawberry, causing billionaire losses worldwide. What is the key to success for a pathogen with such a wide range of hosts? Weiberg et al. have discovered the fungus weapon: surprisingly, it is not a protein but a set of small RNAs that will silence host immunity genes.
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| Botrytis in strawberry |
Using Arabidopsis thaliana and tomato (S. lycopersicum) leaves infected with B. cinerea, researchers built a library of sRNAs from the fungus (Bc-sRNAs) and selected those induced during infection that were also close in sequence to Arabidopsis or tomato genes, finding 73 Bc-sRNAs that could target genes in both plants. To validate this prediction, three of the most abundant Bc-sRNAs were chosen, measuring the levels of the respective plant transcripts, which were indeed decreased and corresponded to genes involved in plant’s immune response to B. cinerea.
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| Basically, double stranded RNA is diced by DICER. The nuclease RISC then cleaves mRNAs homologous in sequence to the dsRNA. |
Intrigued about the mechanism used for the suppression of the defenses, a hijack of the plant silencing machinery by the Bc-sRNAs was postulated. Confirmation came when Argonaute 1 (AGO1) protein, the nuclease in the RISC complex, was immunoprecipitated from infected leaves and sRNAs from the fungus were pulled-down with it. Further evidence was provided by the reduced susceptibility of ago1 mutants. On the contrary, the double dcl1 dcl2 mutant of B. cinerealacking the proteins involved in processing of sRNAs, were less pathogenic, demonstrating the importance of sRNA production for fungus virulence.
This work by Weiberg et al. presents a double agent at the service of the fungus army, the sRNAs, in charge of occupying Ago1 and use it for their own purpose: plant invasion. Even if it is the first paper showing endogenous sRNAs travelling from fungus to plants, it is not the first report about cross-kingdom RNAi: another work published in Plant Cell (2) three years ago demonstrated that RNAs designed against fungal transcripts can travel to Blumeria graminis cells, the mildew, and specifically silence their targets. However, it is still unknown if plants have endogenous sRNAs in their ranks against fungi.
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| Mildew in barley |
The present study raises many questions: are sRNAs a common strategy employed by fungi? Will it be used by other pathogens? How will plants counterattack? For the moment, regarding sRNA, fungi command and plants obey!
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1) A. Weiberg et al., Science 342, 118 (2013).
2) D. Nowara et al., Plant Cell 22, 3130 (2010).
Origen: plantas zombies y sRNAs
Una historia de batallas para acabar el 2013...
Un artículo publicado en la revista Science el pasado octubre muestra que el hongo Botrytis cinerea utiliza pequeños RNAs (small RNAs, sRNAs) para parasitar la proteína Argonauta 1 y dirigir la maquinaria de silencinamiento de la planta contra sus propios genes defensivos, allanando el camino hacia la invasión.
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| Botrytis en tomate |
Botrytis cinerea es el agente causante del moho gris, una infección que afecta a muchos cultivos económicamente importantes, como la vid, el tomate o la fresa, ocasionando pérdidas millonarias en todo el mundo. Pero, ¿cuál es la clave del éxito para un patógeno que puede infectar a tantas especies distintas? Weiberg et al. han descubierto el arma secreta del hongo: sorprendentemente no es una proteína sino un conjunto de pequeños RNAs que silencian los genes que confieren resistencia en la planta huésped.
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| B. cinerea en fresa |
Utilizando hojas de Arabidopsis thaliana y tomate (S. lycopersicum) infectadas con B. cinerea, los investigadores han construido una librería de sRNAs procedentes del hongo (Bc-sRNAs) y han seleccionado aquellos que se inducen durante la infección con homología de secuencia tanto a genes de Arabidopsis como de tomate, encontrando 73 que podrían tener como diana genes en ambas plantas. Para validar esta predicción, se eligieron tres de los Bc-sRNAs más abundantes y se midieron los niveles de los correspondientes tránscritos en plantas, que habían disminuido y además estaban implicados en la defensa de la planta frente al hongo.
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| Cuando la célula detecta un RNA de doble cadena, Dicer lo corta en trocitos y RISC se une a los mRNA con homología de secuencia y los destruye (contado en plan sencillo). |
Pero, ¿cómo conseguían los sRNAs del hongo su efecto en las defensas de la planta? Los investigadores propusieron que los Bc-sRNAs secuestraban la maquinaria de silenciamiento vegetal. La confirmación de su hipótesis se produjo cuando encontraron que la proteína Argonauta 1 (AGO1), la nucleasa del complejo RISC, parte de la maquinaria de silenciamiento génico de la planta, inmunoprecipitada en hojas infectadas, estaba unida también a sRNAs del hongo. Así, los mutantes ago1eran menos susceptibles a la infección y por el contrario, el doble mutante dcl1 dcl2 de B. cinerea, al que le faltan dos proteínas implicadas en procesamiento de sRNAs, eran menos patogénicos, demostrando la importancia de los sRNA en la virulencia del hongo.
Este trabajo de Weiberg et al. presenta un agente doble al servicio del ejército del hongo, los sRNAs, cuya misión consiste en ocupar la proteína Ago1 y usarla para su principal propósito: la invasión de la planta. Aunque es el primer artículo que muestra sRNAs endógenos viajando desde el hongo a las plantas, no es el primero en informar de un RNAi capaz de actuar en especies pertenecientes a distintos reinos: otro trabajo publicado en Plant Cell hace tres años demostraba que RNAs diseñados contra tránscritos de hongo pueden viajar a las células de Blumeria graminis, el mildiu, y específicamente silenciar allí a sus genes diana. Sin embargo, no se conoce si las plantas tienen sRNAs endógenos en sus arsenales contra los hongos.
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| Mildiu en cebada. A la derecha hoja sana. |
El presente estudio nos sugiere muchas preguntas: ¿son los sRNAs una estrategia comúnmente empleada por los hongos? ¿será utilizada por otros patógenos? ¿Cómo contraatacarán las plantas? Por el momento, respecto a los sRNAs, los hongos mandan y las plantas… ¡obedecen!
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Para saber más...
D. Nowara et al., Plant Cell 22, 3130 (2010).
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